Você poderia:
- VNC no servidor, carregue um navegador e faça o download do arquivo.
- SSH no servidor e basicamente o mesmo, mas usando o CLI (curl? wget?). É possível usar o SSH para executar um comando remoto; veja a resposta da ulidtko para um exemplo disso .
- Crie um aplicativo no servidor que possa colocar em fila URLs de downloads de arquivos (um serviço da Web?). Ele pode pesquisar a fila, fazendo o download de cada arquivo até que a fila esteja vazia.