Sim, o GPT funciona bem com os BIOS mais - já que o processo de inicialização do BIOS envolve apenas a execução do bootcode no setor 0, e cabe a esse código inicial interpretar a tabela de partição necessária.
(Por exemplo, o syslinux tem MBR separadas e versões GPT do bootcode, e o LILO apenas codifica os offsets).
Da mesma forma, cabe ao sistema operacional interpretar as tabelas de partição assim que elas forem inicializadas (ele não solicita a BIOS) - seus discos de dados podem usar MBR, GPT, APM, ... desde que o SO os suporte .
Então, sim, criar um pequeno disco MBR para inicialização funcionaria. É bastante comum - muitas vezes é todo o ponto de ter uma partição /boot
separada.
Além disso, se você instalasse o Windows, ter sistemas operacionais e volumes de dados separados seria a única maneira, já que ele realmente não gosta de misturar BIOS & GPT, nem UEFI & MBR.
O Linux funciona muito bem com qualquer uma das abordagens. (Embora, se dividir em dois discos, eu coloquei todo o /
no MBR, já que alocar vários gigabytes em /boot
é um grande desperdício.)