No cliente Filezilla, você pode configurá-lo para bloquear algumas extensões de arquivo.
Em Ver > > Filtros de nome de arquivo ... você precisa criar um novo filtro. Vá para Editar regras de filtro ... e Novo . Procure o filtro existente chamado " Arquivos inúteis do Explorer " para se adaptar a arquivos do Mac OSx como .DS_Store
De fóruns oficiais do FileZilla
Atenciosamente