Eu posso responder pelo menos a primeira pergunta. Se você estiver usando Unix / Linux, você pode usar tr
tr -d 'tr -d '%pre%0' < filein > fileout
0' < filein > fileout
em que \ 000 é o caractere nulo. Você também pode remover todos os caracteres não imprimíveis, como você pode ver no exemplo aqui: "Edição de texto Unix: sed, tr, cut, od, awk "
Em relação à sua segunda pergunta, eu não sei qual é a sua linguagem de programação, mas eu procuraria variáveis não inicializadas que poderiam ser impressas no arquivo de saída.