O seu BIOS deve ter a opção de verificar USB para dispositivos de inicialização. Se você desligar isso, poderá deixar seus periféricos USB conectados e manter seu tempo de inicialização rápido.
Como outros já disseram, também procure na BIOS por "inicialização rápida" ou "verificação rápida" e desative todas as opções de RAID não usadas.