O que você está tentando fazer é um pouco difícil se você não tiver acesso ao arquivo .bat de inicialização de "Todos os usuários", se você fez tudo o que precisa fazer é editá-lo para que depois que todos os comandos forem executados você faria
"call Mycoolbatchfile.bat"
Como isso não é uma opção, minha solução seria codificar o seguinte em AutoIT
Global $SystemWideScript = "Admin.bat"
Func MountNetworkDrv($drv,$path)
ShellExecute(@SystemDir & "\net.exe ","use " & $drv & " " & $path,"","",@SW_HIDE)
EndFunc
While 1
For $i = 1 To 100
;Wait for the Batch script to finish executing
If ProcessExists($SystemWideScript) = 0 Then
;The system wide "All Users" batch script is not running so we can execute
MsgBox(0,"Custom Network Drives","I Cannot detect " & $SystemWideScript & " running so i'm executing")
MountNetworkDrv("G:","\192.168.1.2\logs")
MountNetworkDrv("Y:","\Server\CoolStuff")
Exit
EndIf
Next
Sleep(2000)
Wend
Esta é apenas a minha opinião sobre o assunto (um dos muitos).