Depois de algumas pesquisas, descobri que um problema entre o Compiz e o Gnome-WM significava que o Conky estava começando antes do Compiz ser carregado.
A solução alternativa é atrasar o início de Conky com exemplos que sugiram cerca de 20 segundos.
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Crie um novo arquivo com o Editor de texto chamado
~/.conkystart
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Cole o seguinte código no arquivo e salve-o
#! /bin/bash sleep 20 && conky
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Abra os aplicativos de inicialização e modifique o comando Conky para apontar para o arquivo
Há também um script alternativo que é mais inteligente usando o DBus para ver se o Compiz foi carregado, mas isso não vai funcionar no Natty devido a um excelente DBus Bug
Fonte: 1 , 2