Sua senha do Samba foi substituída porque você tem pam_smbpasswd
ativado em sua configuração do PAM. Quando usado no grupo auth , este módulo atualiza automaticamente a conta do Samba ao efetuar login. Se você desativá-lo, suas senhas permanecerão separadas.
A opção unix password sync
é para a direção oposta - faz com que a senha Unix seja atualizada quando o Samba é instruído a alterar seu próprio banco de dados de conta.