Existe uma ferramenta da Panda, chamada USB Vaccine, que cria um arquivo autorun.inf não regravável no seu drive USB, abusando da especificação do sistema de arquivos FAT32.
Se você estiver usando o NTFS, poderá permitir apenas criar pastas e criar arquivos apenas para pastas filhas. Mas tenha em mente que, normalmente, esses trojans tentarão redefinir as permissões para o diretório raiz primeiro (se estiverem executando privilégios de administrador ou de sistema).