Todas as operações que você mencionou em sua postagem podem ser automatizadas com um script WinSCP. Você já tentou WinSCP? É super-poderoso e gratuito com toneladas de suporte. Abaixo, há um script de exemplo sobre suas ações:
# Connect
open ftp://user:[email protected]/
# Change remote directory
cd /home/user
# Force binary mode transfer
option transfer binary
# Download file to the local directory d:\
get examplefile.txt d:\
# This will Upload whole folder files and subfolders to current working directory
put d:\
# Disconnect
close
# Exit WinSCP
exit
Então você acabou de invocar o script de um arquivo de lote.