Pequena chance (como você não tem esse problema no 10.5 Leopard): é SuperDuper! sobrescrevendo o disco inteiro a cada vez? Em caso afirmativo, também poderá remover algum arquivo oculto que informe ao Time Machine que você deseja ignorar esse disco. (Estou apenas adivinhando; talvez essa configuração seja mantida em algum atributo estendido em vez de em alguns arquivo oculto.) Se de fato usa algum arquivo oculto, e se SuperDuper! exclui isso, então talvez você possa definir esse arquivo oculto para ser somente leitura para SuperDuper !? (Engraçado!? ...; -))
(Hmmm, esta discussão pode abranger: Você agendou um apagamento backup de cópia, em vez de uma atualização inteligente? Este é o tipo de coisa que a TM faz quando uma nova unidade aparece ... Mas você já está usando o Smart Update.)
Ainda assim, o Time Machine sendo desligado, não deve incomodá-lo em primeiro lugar, então algo certamente está errado. Talvez apenas remover
/Library/Preferences/com.apple.TimeMachine.plist
e desativá-lo novamente?