Consegui corrigir isso abrindo gconf-editor e definindo a chave /apps/gnome-power-manager/notify/low_capacity como falsa.
Toda vez que faço login, recebo esta mensagem. É útil ver uma vez, mas não preciso vê-lo toda vez que faço login. Existe alguma maneira de desativá-lo?
Parece que tem algo a ver com o GNOME Power Manager configurações.
Isso também funciona em 10.04, como um aparte.