Eu tive esse problema e tentei corrigi-lo com isso:
rm -f .git/index
git reset
MAS não funcionou. A solução ?
Por alguma razão, eu tinha outras pastas .git em sub-diretórios. Eu excluo essas pastas .git (não o principal) e git reset
novamente. Depois que eles foram excluídos, tudo funcionou novamente.