- ffmpeg ou mencoder pode ser usado para criar vídeos com sequências de imagens. Eu encontrei este tutorial nele depois de um rápido google. Seus codecs são (principalmente) embutidos. Os aplicativos funcionam no Windows, Mac e Linux.
- O VirtualDub permite-lhe importar sequências de imagens PNG e codificá-las em vídeos. Se você tiver os codecs corretos instalados, poderá criar arquivos H.264. Você precisará de um aplicativo separado para convertê-lo no contêiner MP4. Ele fornece um aplicativo de linha de comando. O VDub é somente para Windows.
E, por favor, não se esqueça que o YouTube tem o hábito de recodificar os seus vídeos mesmo que estejam no formato certo, por isso, independentemente de você perder a qualidade de qualquer maneira. Felizmente não é demais para vídeos de ação ao vivo, mas vídeos como animações 2D (anime, desenhos animados e afins) sofrem.