As configurações da maioria dos programas são mantidas em "pastas de pontos" no diretório $HOME (por exemplo, $HOME/.libreoffice ) ou no diretório $HOME/.config/ .
terminator usa a última abordagem para que as alterações feitas nas suas preferências sejam salvas em $HOME/.config/terminator . Excluir ou renomear essa pasta e, em seguida, iniciar terminator novamente deve resolver seus problemas (e também perder as alterações feitas, incluindo as que você deseja manter):
mv $HOME/.config/terminator $HOME/.config/terminator_old