Os discos rígidos mais antigos usavam setores menores de 512 bytes; unidades recentemente mais recentes usam setores maiores, geralmente 4096 bytes.
O software, no entanto, ainda vê o disco em setores "lógicos" de 512 bytes, embora ele geralmente leia os dados em blocos de 4K
Ao criar uma partição, é importante alinhar o início da partição com o início do setor físico grande, caso contrário, cada leitura exigirá a leitura de dois setores físicos, o que afetará o desempenho.
Como você pode ver, sua partição começa do setor lógico # 3 (# 1 e # 2 levam 512 * 2 = 1024 bytes), então para corrigir o problema você precisa mover o início da partição em 3072 (4096- 1024) bytes.
As versões mais recentes de gparted
estão cientes disso - basta inicializar a partir do Ubuntu LiveCD e criar uma nova partição selecionando a opção de alinhamento padrão (que é "align to 1 MB", que é ideal mesmo para tamanhos maiores do setor, como em SSDs).
Se você já instalou o sistema operacional e não deseja recriar partições, pode mover o início das partições para alinhar corretamente, mas isso envolveria alguns cálculos de caneta e papel. Além disso, você precisará reinstalar o gerenciador de inicialização se moveu a partição do Ubuntu.