(uma pergunta específica do aplicativo simples como essa pertence ao fórum de suporte do aplicativo, ou talvez ao SuperUser, mas não ao ServerFault, mas como eu sei e estou fazendo uma pausa no trabalho, respondo assim mesmo)
Você teria que usar o comando Selecionar Arquivos no menu Marcar (geralmente ligado ao numpad da chave: +) e digitar seu padrão de correspondência (ou seja, *.php;*.js
) para lá. Você pode então operar nos arquivos selecionados como de costume.