O CCC é apenas um gui front-end sofisticado para o rsync. Eu não tenho certeza se existe um equivalente para o Linux, mas se você não se importar com a linha de comando, você pode fazer o que quiser lá:
rsync -a -x / /media/backupdisk/
Substitua / media / backupdisk / por qualquer ponto de montagem ao qual seu disco de backup esteja anexado.
Se você quiser que o disco de backup seja uma cópia exata, adicione o sinalizador --delete:
rsync -a -x --delete / /media/backupdisk/