Um formato rápido só reescreve a MFT, que é o que faz com que seja rápido. Um formato completo força o sistema operacional a fazer uma verificação ruim do setor. Se você fizer um formato completo a partir do Vista ou posterior, os zeros também serão gravados em toda a unidade.
Fonte: KB 941961
The format command behavior has changed in Windows Vista. By default in Windows Vista, the format command writes zeros to the whole disk when a full format is performed. In Windows XP and in earlier versions of the Windows operating system, the format command does not write zeros to the whole disk when a full format is performed.