Não, e provavelmente não será possível por um longo tempo. De site da Apple FAQ do APFS :
O código aberto é o APFS?
Uma implementação de código aberto não está disponível no momento. A Apple planeja documentar e publicar a especificação do formato de volume do APFS.
Então, depois que a Apple lançar as especificações do APFS (em alguma data não especificada), alguém terá que fazer o trabalho de implementação, e provavelmente levaria muitos anos antes de atingir um nível decente de funcionalidade (especialmente se você quiser acesso de gravação).