Aqui está um one-liner de linha de comando que excluirá todos os diretórios realmente vazios (ou seja, zero arquivos) na pasta e abaixo:
for /f "delims=" %i in ('dir /ad /s /b') do @rd "%i"
Basicamente, isso obtém uma listagem recursiva de todos os diretórios a partir do atual e, em seguida, tenta remover cada diretório. O comando rd
não removerá um diretório não vazio por padrão, portanto, seus arquivos devem estar seguros.