Com a tecnologia atual, a única diferença é que uma placa interna não usa uma de suas portas USB, e um dongle USB não usa um slot PCI interno, então cabe a você em termos de qual é a recurso mais abundante no seu computador.
É possível que, algum dia, as velocidades de conexão sejam tão altas que excedam as taxas de transferência de USB, mas ainda não chegamos nem perto disso, então em termos de velocidade elas são praticamente equivalentes. Algumas pessoas preferem não ter um bastão saindo de seu computador sempre que ficam on-line (e, portanto, escolhem interno), e algumas outras pessoas gostam de mover a capacidade sem fio de um computador para outro, ou removê-lo facilmente no caso de supervisionar o uso da internet de uma criança (e assim escolher USB).