ssh-keygen
não tem opções para especificar a criptografia de senha, então você não pode simplesmente fazer o antigo ssh-keygen
se comportar como a nova versão alterando um arquivo de configuração ou dando uma opção a ele, mas você pode usar o OpenSSL para gerar ou converter as chaves.
Conversão
Supondo que sua chave seja RSA
openssl rsa -aes128 -in <3des_protected> -out <aes128_protected>
converterá a chave 3des_protected
em uma chave AES128. Ele pedirá uma frase-senha três vezes: uma vez para ler a chave antiga, duas vezes para definir a nova.
Criação
Primeiro, crie a parte privada
openssl genrsa -aes128 -out <newkey>
altere sua permissão para que o ssh não reclame com chmod 600 <newkey>
A chave pública é então derivada da privada, emitindo
ssh-keygen -e -f newkey > newkey.pub