Os perfis móveis destinam-se a pequenas quantidades de dados que serão carregados sempre que você fizer logon em qualquer máquina a partir de uma unidade de rede e gravados de volta na unidade de rede quando fizer logoff. Se você fizer logon em dois computadores ao mesmo tempo e alterar qualquer coisa no seu perfil nos dois computadores, apenas uma cópia sobreviverá. Este é um comportamento muito indesejável para coisas como armazenamento de email. Mesmo se você reduzir a quantidade de emails armazenados, alguns ocasionalmente serão perdidos se você continuar a usar o Thunderbird com perfis de roaming.
A melhor solução pode ser simplesmente não usar perfis móveis. No entanto, se a sua organização não lhe der uma escolha. Nesse caso, você terá que ter cuidado para não fazer logon em dois computadores simultaneamente com o mesmo perfil ou você provavelmente perderá algumas mensagens. Além disso, toda vez que você fizer login em qualquer computador, todas as suas mensagens serão transferidas e armazenadas localmente, mesmo que (especialmente quando) você arquivar mensagens antigas para armazenamento local. Isso tudo é uma má notícia porque leva muito tempo. O Thunderbird não oferece nenhum movimento no estilo GUI das pastas de e-mail fora do seu perfil, exceto para outras contas de e-mail. O Thunderbird também não oferece nenhuma opção para manter suas mensagens em qualquer lugar fora do seu perfil. Você pode tentar redirecionar sua pasta AppData, mas nem sempre ela fica presa, e se você tiver gigabytes de e-mail em seus arquivos, poderá levar 10 minutos para fazer logon e logoff. Geralmente esta é uma solução inaceitável.
O motivo pelo qual o Thunderbird não oferece outras opções é que a equipe de desenvolvimento aparentemente não usa perfis móveis e não vê o problema nem entende a necessidade de uma solução. Talvez juntar-se à equipe de desenvolvimento ou descrever claramente o problema faça com que resolvam o problema, a menos que concluam que os perfis de roaming são uma má ideia e que nenhum trabalho deve ser feito nessa área. Eu entendo os dois lados e recomendo investigar o uso de pastas redirecionadas em vez de perfis móveis, enquanto simultaneamente trabalho com a equipe de desenvolvimento para explicar claramente por que você deve ser capaz de designar um local para seus dados de perfil em vez de ficar preso no perfil do Windows.