Acho que o problema pode ser a velocidade da interface.
Com o cartão na câmera e usando a conexão USB da câmera, você pode estar obtendo apenas uma conexão USB 1.1, mas talvez o Windows esteja tentando ler os dados na velocidade do USB 2.0. Isso pode causar os sintomas que você está vendo, pois a câmera não consegue acompanhar os pedidos do PC.
Ao copiar manualmente os atrasos causados por você (o operador), você não entenderá isso e, quando o cartão estiver em um leitor de cartão, você obterá o USB 2.0 completo.
Verifique se a sua câmera deve ou não oferecer velocidades USB 2.0. Se estiver, tente outro cabo. Se isso não funcionar, pode haver uma falha na câmera.
De acordo com a página 129 do manual, seção de solução de problemas Computador - Não é possível transferir imagens para um computador , você pode mudar a câmera para uma velocidade de conexão menor:
Press and hold down the MENU button, then press and hold the arrow_up and Func/Set buttons simultaneously. Choose [B] when it appears on the screen, then press the Func/Set button
Se não foi o cabo e se não há problema em obter velocidades USB 2 para fora da porta quando conectado a outra coisa, isso soa como um problema com a câmera. Você já tentou transferir arquivos para uma máquina diferente? Eu teria sugerido que é a câmera, mas acabei de reler a pergunta e parece que ambas as câmeras estão lentas.
A única outra coisa que vem à mente é obter a versão do Windows 7 do software / drivers da câmera para o seu PC - se eles existirem, é claro. Você verificou o site da Canon ou fez um Windows Update e verificou as atualizações não críticas sugeridas?