Heh, tarefa interessante. Então eu acho que a solução é
ffmpeg -i 1.ts -i 2.ts -filter_complex "[0:v][1:v]overlay=x='if(lte(-w+(t)*100,w/2),-w+(t)*100,w/2)':y=0[out]" -map '[out]' -y out.mp4
Este gráfico de filtro move a segunda imagem da esquerda para a direita até atingir a metade da tela (w / 2). Então, tudo que você precisa modificar é w / 2 nessa expressão. O mesmo para algum ponto de parada estático (100 pixels):
ffmpeg -i 1.ts -i 2.ts -filter_complex "[0:v][1:v]overlay=x='if(lte(-w+(t)*100,100),-w+(t)*100,100)':y=0[out]" -map '[out]' -y out.mp4
Espero que ajude.