Você tem algumas opções dependendo do hardware e da natureza dos dados confidenciais:
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Os discos rígidos modernos geralmente permitem que você defina uma senha necessária para acessá-la. Verifique o BIOS do computador / laptop para ver se há uma configuração para isso. Como alternativa, verifique o site para o fabricante da unidade para ver se há uma ferramenta de software que permite definir a senha.
Isso não apaga os dados, mas torna bastante difícil e caro o acesso aos dados, a menos que haja dados confidenciais importantes superdupes, deve ser suficiente.
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Se você estiver usando um laptop, existem serviços como o LoJack que você pode assinar para instalar hardware especial e software para permitir que você limpe-o remotamente.
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Você pode criptografar os dados na unidade com BitLocker (incluído no Windows 7 Professional e superior), TrueCrypt ou outro semelhante programas de criptografia de disco . Dessa forma, a unidade inteira é criptografada, e mesmo a obtenção dos dados não significa nada, pois geralmente é suficientemente difícil / caro quebrar a criptografia.