Tree
é um programa muito simples que percorre todos os diretórios (e se especificou os arquivos). Não faz buffer. Você pode ver isso porque ele cria a árvore de diretórios diretamente na tela (se a saída não for redirecionada). Com muitos diretórios, isso é lento e a saída começa imediatamente.
Como tree
não lê todos os diretórios de uma só vez, não pode fazer nenhuma classificação. Portanto, depende do sistema de arquivos apresentar os diretórios em ordem. Se o sistema de arquivos não fizer isso, tree
não será solicitado.
Se você quiser uma lista ordenada, terá que procurar um utilitário que possa ler todo o diretório e os arquivos de uma só vez e, em seguida, apresentar uma visualização ordenada em forma de árvore.