O problema é que hid_apple não é compilado como um módulo - o kernel do Fedora tem embutido na imagem principal do kernel.
Portanto, não é possível usar modprobe.d para alterar as opções, pois isso se aplica apenas aos módulos.
O que você precisa fazer é editar /etc/grub2.cfg e encontrar o que começa com linux... para o kernel que você está usando e adicione hid_apple.fnmode=2 ao final da linha.