Apenas remova o teclado e o mouse e gerencie o Mac remotamente com o VNC.
EDIT para remover o suporte a USB: Você pode remover o suporte USB no Terminal com os seguintes comandos:
cd /System/Library/Extensions
PARA SER SEGURO, faça este código primeiro:
sudo cp -r IOUSBFamily.kext /Users/<youraccount>/Desktop
Então
sudo rm -r IOUSBFamily.kext
O suporte para reinicialização e USB desapareceu. Certifique-se de que você tenha uma boa conexão VNC ou ssh primeiro para poder colocar esse arquivo .kext de volta quando quiser usar as portas USB novamente.