Tente abrir um terminal e copie e cole isto:
setxkbmap us -variant colemak
Você também pode tentar alterar o layout do teclado na tela de login.
Quando eu experimento na caixa "Digite para testar configurações", ainda está em Qwerty, e se eu aplicá-lo em todo o sistema, meu sistema ainda está usando o Qwerty. Alguém mais tem esse problema ou tem alguma sugestão?
Tente abrir um terminal e copie e cole isto:
setxkbmap us -variant colemak
Você também pode tentar alterar o layout do teclado na tela de login.
Você precisa clicar em Move Up
para que ele esteja no topo da lista de layouts. Então deve ter efeito.