Se você realmente quiser isso, pode simplesmente fornecer vários parâmetros -e para sed desta forma:
:%!sed -e '/^\.[a-z]/d' -e '/^Desktop/d'
Eu só não sei se você quer isso apenas por alguma experiência em sed ou você não está ciente de que dentro do vim , há ed que sabe tudo que o sed faz e mais ... e sem iniciar um processo desnecessário:
g/^\(\.[a-z]\|Desktop\)/d