Quando você inicia um novo console - ele herda strings de ambiente (% PATH% também) do processo pai (ConEmu).
Quando você altera% PATH% no seu shell - ele se aplica a esse shell e seus processos filhos.
Se você precisar corrigir essas mudanças temporárias no ambiente, poderá executar
ConEmuC /export PATH
Isso "copia" seu valor atual de% PATH% para a ConEmu GUI e será aplicado a todos os novos consoles do ConEmu.
BTW, por que você não marcou sua pergunta com "conemu"?