Você está usando mysql-server-5.1
de repositórios do Ubuntu?
No arquivo /etc/init/mysql.conf
, você encontrará uma linha como a seguinte:
start on (net-device-up
and local-filesystems
and runlevel [2345])
stop on runlevel [016]
Mover o '2' do começo ao fim deve fazer o truque:
start on (net-device-up
and local-filesystems
and runlevel [345])
stop on runlevel [0126]