Dê uma olhada no editor de gráficos do yEd . Ele pode reorganizar automaticamente os layouts em uma ampla variedade de métodos: hierárquico, orgânico, ortogonal, circular, árvore, aleatório, etc.
Ele pode importar nós e relacionamentos do Excel de vários outros formatos.
Também é gratuito.
Editar:
Eu devo afirmar que o yEd não irá rearranjar automaticamente os nós quando você inseri-los . Você deve selecionar a ação em um menu ou com atalhos de teclado.