Eu nunca usei esse tipo de software até agora, mas eu diria que isso depende do modo de operação da cifra . Se você estiver usando o modo ECB, perderá no máximo o setor que foi danificado. Mas você não deve usar o modo ECB se o tamanho dos seus dados for maior que o tamanho do bloco da cifra.
Se você usar qualquer modo de encadeamento, como OFB, corre o risco de perder um setor no bloco mencionado anteriormente, além de todos os outros blocos que vêm a seguir.
Good block Bad sector X Propagated err
|--------------| |-------X------| |xxxxxxxxxxxxxxx| ...
ou seja, o erro pode se propagar para o próximo bloco de criptografia e contaminar o restante dos dados. Isso é verdade, independentemente da criptografia de disco inteiro ou arquivo por arquivo.
Usando o modo CBC, você simplesmente perde o setor correspondente em todos os blocos seguintes
Good block Bad sector X Propagated err
|--------------| |-------X------| |-------o------| ...
^
due to previous bad block
Não é tudo desgraça e melancolia embora. Eu acho que software de criptografia de disco respeitável tem contramedidas contra esse tipo de coisa acontecendo, como manter um checksum CRC32 em algum lugar. Verifique o wiki do software (ou fórum ou serviço ao cliente se você for não-livre) para ver como eles lidam com esse tipo de coisa.
Atualização:
A partir da documentação do TrueCrypt :
Some storage devices, such as hard drives, internally reallocate/remap bad sectors. Whenever the device detects a sector to which data cannot be written, it marks the sector as bad and remaps it to a sector in a hidden reserved area on the drive. Any subsequent read/write operations from/to the bad sector are redirected to the sector in the reserved area. [...]
que sugere que seu sistema de arquivos já cuida dessas coisas.
Mas vamos supor que não. Como kronenpj apontou, a maioria das criptografias de disco (pelo menos as mais populares) funcionam com o modo XTS, que é um aprimoramento de < href="https://en.wikipedia.org/wiki/Ciphertext_stealing"> roubar texto cifrado . Esse modo é um pouco complicado de representar em ASCII, a página da Wikipédia vinculada tem uma boa representação do processo.
E aqui vem o tl; dr : A propagação de erros (na ausência de medidas corretivas) depende se o software trata o texto simples como blocos únicos ou se os une.