O IMAP, ao contrário do POP predecessor, é projetado para que a origem "mestre" do e-mail esteja no servidor. Qualquer coisa que possa ser armazenada pelo cliente IMAP (seja o Thunderbird ou um cliente de webmail ou qualquer outra coisa) é tratada como um cache para o que está no servidor. Como tal, é completamente descartável e não valioso. Se o Thunderbird não o maneja bem e o corrompe ou perde, é de pouca preocupação. Ele será reconstruído a partir das informações no servidor. Na pior das hipóteses, se for realmente corrupto, pode ser necessário excluí-lo. Não faça o backup e não se preocupe muito com isso.
Um bom servidor Dovecot bem gerenciado NÃO perderá ou corromperá seu e-mail de qualquer forma. (Mas eu não posso garantir isso, é claro ... bugs e desastres são sempre possíveis.) Eu construí vários servidores de e-mail muito grandes usando o Dovecot.
Sua alegação de que um servidor Dovecot IMAP "funciona eficientemente até cerca de 1000 e-mails" parece errada. Meu e-mail pessoal é armazenado em um servidor Docevot IMAP. Eu tenho mais de 100000 e-mails individuais lá, excluindo as listas de discussão. Isso está usando o armazenamento regular do Maildir em um sistema de arquivos ext3 regular. Eu poderia atualizar para o dbox, mas não houve necessidade. Funciona bem.
20 GB não é uma quantidade enorme de armazenamento nos dias de hoje. Eu nem sequer acho que ficaria preocupado com a deduplicação de dados e a compactação para essa quantidade de dados.