Para aplicativos que salvam sua localização no registro, isso pode ser feito alterando os valores do registro antes de iniciar o aplicativo.
Como exemplo, o seguinte arquivo em lotes abre o Bloco de Notas em um tamanho e local específicos em relação ao monitor principal.
@echo off
reg ADD "HKCU\Software\Microsoft\Notepad" /v iWindowPosDX /t REG_DWORD /d 800 /f
reg ADD "HKCU\Software\Microsoft\Notepad" /v iWindowPosDY /t REG_DWORD /d 400 /f
reg ADD "HKCU\Software\Microsoft\Notepad" /v iWindowPosX /t REG_DWORD /d 50 /f
reg ADD "HKCU\Software\Microsoft\Notepad" /v iWindowPosY /t REG_DWORD /d 100 /f
start Notepad