Geralmente, as chaves de licença não são armazenadas como texto simples na maioria das preferências do aplicativo. Eles usariam principalmente algum tipo de criptografia de hash unidirecional armazenada.
Eu uso 1Password para salvar minhas chaves de licença. Também é ideal para salvar senhas, naturalmente, e outros números que você pode querer manter seguros e facilmente acessíveis, como números de cartão de crédito, etc.
Outra aplicação dedicada para esse fim é a AppShelf .