Você nunca deve executar como root, a menos que esteja explicitamente tentando modificar seu sistema. O VMWare Workstation não precisa de acesso root para simplesmente executar uma máquina convidada. Provavelmente sua permissão foi alterada para root possuindo sua pasta ~/.vmware
durante a instalação. Você só precisa alterar a propriedade de volta para seu usuário.
sudo chown -R $USER:$USER ~/.vmware
Isso definirá o proprietário de volta para você e seu grupo.