However, I don't know what program, or what commands to put into the batch file.
Acredito que o comando que você está procurando é attrib . Exemplo:
attrib +h "c\dir\test1\*" /s
Onde.
+h : define o atributo do arquivo oculto.
/s : Aplica attrib e qualquer opção de linha de comando aos arquivos correspondentes no diretório atual e em todos os seus subdiretórios.
Veja também este winapi SetFileAttributes .
SetFileAttributes(path, FILE_ATTRIBUTE_HIDDEN);
Você pode usar esta função recursivamente para aplicar os atributos apropriados aos arquivos na pasta.
Trocador de Atributos (Grátis).
Attribute Changer is a freeware tool that allows you to set file attributes on multiple files and folders, recursively.