Você deve usar um gancho de modo de texto. No seu arquivo .emacs:
(defun turn-on-auto-fill-hook ()
(cond ((string-match "^/home/foo/bar/blat/" buffer-file-name)
(auto-fill-mode 1))))
(add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-auto-fill-hook)
Substitua / home / foo / bar / blat pelo caminho para o diretório cujos arquivos você deseja que o modo de preenchimento automático esteja ativado quando visitado. Não remova o cursor.