Não há problema em instalar o Windows em uma partição lógica, embora obviamente a partição de inicialização do System Reserved precise ser primária. AFAIK Disk Management não permite a criação de 4 partições primárias. Isso ocorre porque o esquema de particionamento do MBR permite no máximo 4 partições primárias, ou 3 primárias e 1 partição estendida. Se você criou 4 partições primárias, você estaria preso e não seria capaz de criar mais partições sem excluir uma existente. Eu acredito que a única maneira de criar a quarta partição primária no Windows é usando DiskPart de um prompt de comando elevado.