1) Desempenho
scp será mais rápido
2) Segurança
scp é mais seguro, mas se você usasse rsync -avz -e ssh, então o rsync seria tão seguro
3) Capacidade
O rsync pode 'sincronizar' as duas cópias, então vamos dizer se o seu scp parou no meio da transferência por algum motivo (problema de rede, digamos), você poderia usar o rsync para completar a transferência. scp simplesmente sobrescreverá.
alias scpresume="rsync --partial --progress --rsh=ssh"
O rsync também pode excluir certos subdiretórios / arquivos usando o --exclude
flag, scp não pode fazer isso.