O Gmail retira todo o conteúdo entre as tags <script>
antes de exibir a mensagem. Se um e-mail tiver tags de script, isso não significa que o Google o marcará automaticamente como spam, mas pode ser uma das coisas que aumenta a chance.
A maioria dos provedores de email e clientes de email farão (ou deverão) fazer isso para evitar ataques de xss (cross-site scripting). Leia mais sobre estes aqui .
Portanto, não adianta enviar e-mails contendo JavaScript (mesmo que isso seja útil), pois quase certamente ele será bloqueado quando a mensagem for visualizada e poderá contribuir para que ela seja marcada como spam.