Nem todos os comandos / programas aceitarão diretamente a entrada canalizada (incluindo rm ). Além disso, por que você está usando a variável de substituição bash fora de um script?
Para o seu caso geral, você precisa examinar xargs , um utilitário cujo objetivo é simplificar esses cenários, pegando uma lista de stdin e invocando um comando com os elementos dessa lista (de diferentes formas possíveis).
Para o que você quer fazer ... (use-o com sabedoria!): rm -rf * (ou . ) será suficiente.