Sua pergunta dizia que você queria ocultar os arquivos do Finder ou do Explorer. Eu sou um velho mal-humorado, então não sei o que são. Eu uso bash e ls em um xterm como meu "explorador de arquivos". ;]]
bash tem uma variável de ambiente que você pode definir chamada GLOBIGNORE . Eu não tentei, mas o man page diz,
A colon-separated list of patterns defining the set of filenames to be ignored by pathname expansion. If a filename matched by a pathname expansion pattern also matches one of the patterns in GLOBIGNORE, it is removed from the list of matches.
Isso deve abranger coisas como autocompletar dentro do próprio bash , mas eu não sei se outros programas estão atentos ao GLOBIGNORE envvar.
ls também é configurável. Em seu alias para ls , coloque uma combinação de --hide='.*~' (se ainda quiser vê-los com ls -a ) ou --ignore='#.*' . Ou você pode usar --color=auto e usar dircolors para definir o LS_COLORS var como algo que não se destaca (para que você ainda possa vê-los, mas eles não chamam sua atenção.)