A sugestão de Zanna sobre a instalação a partir da fonte é a solução correta para o problema.
No entanto, uma resposta mais direta à questão é notar que 0,99 é a versão mais recente do clamav para o Ubuntu 16.04 (a versão mais recente do Ubuntu). Veja link .
O aviso do programa indica que há uma nova versão do clamav upstream (ou seja, pelos desenvolvedores do clamav). A última versão da última versão do Ubuntu pode ser um pouco mais antiga. Como a mensagem é apenas um aviso, você pode desconsiderar isso. Se 0,99 tiver uma falha de segurança "séria", provavelmente será lançado um patch adequado.
Instalar a partir do código-fonte é uma solução, mas você terá que mantê-lo atualizado manualmente - algo que muitas vezes esquecemos de fazer.
Eu não sei muito sobre o clamav, mas para os scanners de vírus, o que você quer manter atualizado são as definições de vírus. Supondo que a versão que você está usando ainda possa ter as definições de vírus atualizadas, você deve estar bem.