A única maneira de salvar dados é fazer o backup de uma forma ou de outra.
Há um bazillion de maneiras de fazer backup de dados.
Você pode gravá-lo em disco, mover para USB, fazer backup na Web, etc. etc.
OU Você pode, como você diz, movê-lo para uma partição separada do sistema operacional, que você simplesmente não irá formatar.
Tem apenas uma partição? Encolha o atual e depois faça um novo do novo espaço.
Isso também é o que eu pessoalmente prefiro. Hoje em dia eu sempre faço uma nova paródia de 20 a 30 gols dedicada ao sistema operacional.