Os conectores HDMI / DVI / VGA na placa-mãe serão para uso de chips gráficos "integrados" que seriam embutidos na CPU como parte da própria placa-mãe.
Se você vai comprar uma placa gráfica dedicada, então você vai querer usar a porta HDMI na placa gráfica e ignorar completamente as portas da placa-mãe.
Observe que, se você receber uma placa gráfica com DVI em vez de HDMI, poderá obter adaptadores que pode fazer a conversão como HDMI e DVI compartilham uma interface (quase) idêntica para empurrar dados na tela.